小型醫院廢水處理設備的處理步驟非常復雜，從原水到格柵的處理，還要經過調節池后到達提升泵的處理，才能經過生物反應器進行進一步的去污處理，然后還要經過循環泵和膜組件的處理，再經過消毒裝置和中水貯池，才能到達中水用水系統中處理。
小型醫院廢水處理設備處理的污水都是要經過格柵才能進入調節池內的，而且還要經過PLC的控制器來開啟曝氣機進行充氧，整個處理污水的過程是很復雜、技術很先進的。
小型醫院廢水處理設備處理的水源當進入分離處理過程中時，濃水還會返回調節池里，然后經過膜分離技術進行水的消毒。水的消毒通常有氯片、漂白粉和次氯酸鈉進行混合消毒。
